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养殖水环境持续恶化。随着养殖规模的扩大和密度的增加，因养殖对水环境和土壤环境等的消耗越来越大，以及在养殖过程中各类药物的使用，使得养殖水环境持续恶化。 1.养殖水环境持续恶化。随着养殖规模的扩大和密度的增加，因养殖对水环境和土壤环境等的消耗越来越大，以及在养殖过程中各类药物的使用，使得养殖水环境持续恶化。 2.主体生产方式落后，产业结构不合理，增长方式落后。
3.养殖模式趋同性，产品同质化，创新乏力，缺少具有强竞争力的养殖对象。
4.重产量、轻质量，品牌缺乏，不利于水产业的可持续发展。
5.智能化、自动化、机械化、信息化程度低。这是由水产行业的特点和对水产从业人员的文化程度要求较低决定的。
6.水产品质量安全形势堪忧。虽然国家相关部门加大了管理及处罚力度，但在养殖过程中仍旧存在着用药不规范、养殖密度超标、养殖水体和饲料不达标等诸多问题。
7.现代农业企业管理水平落后，技术创新能力较弱，人才严重缺乏。
8.病害问题突出。
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